在污水處理中的使用有利微生物菌群處理廢水機理是：EM菌群中既有分化性細菌，又有組成性細菌，即有好氧菌，又有厭氧菌和兼性菌。作為多種細菌共存的一種生物體，激活后的有利微生物菌群經過馴化在污水中迅速生長繁衍，能快速分化污水中的有機物，同時依托相互間共生增殖及協同作用，代謝出抗氧化物質，構成穩定而復雜的生態系統，按捺有害微生物的生長繁衍，按捺含硫、氮等惡臭物質發生的臭味，激活水中具有凈化水功用的原生動物、微生物及水生植物，經過這些生物的歸納效應從而達到凈化水的目的。

　　微生物除臭劑能有用去除硫化氫、氨氣等惡臭氣體，還能降低污水中COD和氨氮的含量，增強污水的凈化速度，對人體和動植物無副作用，對環境不會發生污染。微生物除臭劑含有多種分化才干強的菌株，各個菌株之間存在共生聯系，構成一個功用團體，有利微生物有用按捺潰爛菌的潰爛分化而轉向發酵分化，發生的有機酸類物質能對N、S氧化物進行降解（分化）吸收和固定。

　　惡臭是廢物、糞便、污水等污染物中含有的乙醇、硫醇、硫醚、酚、甲酚、吲哚、脂肪酸、乙醛、酮、二硫化碳、氨和胺等物質發出出來的。惡臭物質的生物降解是該進程的限速階段，可見微生物處于生物脫臭的中心地位。微生物消化吸收惡臭物質后發生的代謝物在作為其他微生物的養料，繼續吸收消化，如此循環使惡臭物質逐步降解。真菌生長速度快，構成的菌絲網可有效增大與氣體的觸摸面積，適用于難溶性臭氣。這些物質恰恰可以被特定的微生物作為養分來歷，微生物在汲取這些物質后，經自身的物理化學作用，將它們分化轉化為無臭物質。